检察机关、侦查机关、人民法院对申请方的鉴定申请决定鉴定后，应当根据诉讼类型和案件情况采取不同方式选聘鉴定机构和鉴定人。刑事诉讼在侦查初期的鉴定一般由侦查机关直接指派或聘请鉴定机构或鉴定人进行鉴定。在侦查后期及诉讼中的鉴定则必须考虑申请方的意见。民事诉讼中进行鉴定委托要由人民法院与双方当事人共同决定。《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》规定， 当事人申请鉴定经人民法院同意后，由双方当事人协商确定有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人员，协商不成的，由人民法院指定。